Лаборатория масс-спектрометрии выполняет измерения молекулярной массы пептидов, белков, олигонуклеотидов и других биологически важных соединений.
Например, молекулярная масса триптических пептидов является основой для идентификации белков вместе с их посттрансляционными модификациями. С другой стороны, измерения амплитуды сигнала в спектрах МС позволяют проводить относительные, а с использованием внутренних стандартов также и абсолютные измерения концентраций соединений в сложных биологических препаратах. Измерения относительных концентраций белка составляют основу дифференциальной протеомики, где протеомика может определять различия в белковом составе образцов.
На сегодня лаборатории масс спектрометрии выполняет протеомные проекты с использованием новейшего оборудования, доступного на рынке — масс-спектрометров: Q-ToF Premier, LTQ FTICR, Orbitrp Velos. Образцы, предоставленные нашими сотрудниками, обычно представляют собой полосы из полиакриалмидных гелей, а также фракции жидкостной хроматографии или белковые смеси, полученные в результате иммунопреципитации, и цель эксперимента — определить белковый состав образца.
Выявление и обнаружение посттрансляционных модификаций — более сложная задача, но она также успешно выполняется. В среднем лаборатория выполняет 200-250 анализов этого типа в месяц. Многие проекты предполагают сравнение белкового состава сложных смесей — субпротеомов. Это требует использования соответствующих ИТ-инструментов, коммерчески они недоступны, создание новых ИТ-инструментов для протоэмики также осуществляется в Лаборатории.